Keragaman Genetik Antar Individu Bulu Babi (Tripneustes gratilla) di Pantai Rendani Kabupaten Manokwari

Wahyuma Firda; Abdul Hamid A. Toha; Mudjirahayu Mudjirahayu; Muhammad Dailami

doi:10.64283/jotdiverse.2025.1(1):7

Penulis

Wahyuma Firda Jurusan Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Papua, Jalan Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia
Abdul Hamid A. Toha Jurusan Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, dan Program Studi Doktor Ilmu Pertanian, Program Pascasarjana, Universitas Papua, Jalan Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia
Mudjirahayu Mudjirahayu Jurusan Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Papua, Jalan Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia
Muhammad Dailami Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawiajaya, Jalan Veteran, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.64283/jotdiverse.2025.1(1):7

Kata Kunci:

bulu babi, genetik, Manokwari, T. gratilla

Abstrak

Memahami keragaman genetik bulu babi sangat penting untuk mempelajari keragaman spesies dan hubungan genetik di antara spesies dan individu. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk menentukan keragaman genetik bulu babi dari Perairan Rendani, Kabupaten Manokwari. Secara khusus, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies bulu babi, menilai keragaman dan komposisi nukleotidanya, mengukur jarak genetik, dan mengeksplorasi hubungan kekerabatan antara individu bulu babi. Penelitian menggunakan metode deskriptif dan dilaksanakan pada November-Desember 2022. Identifikasi spesies berdasarkan analisis genetik menunjukkan bahwa delapan sampel adalah spesies Tripneustes gratilla, dengan tingkat kemiripan sebesar 99,20-100,00% dengan spesies referensi. Keragaman genetik di antara masing-masing sampel ditemukan relatif rendah. Komposisi nukleotida menunjukkan kandungan GC rata-rata sebesar 39,34-40,34%, lebih rendah dari kandungan AT (53,87-60,66%). Jarak genetik antar sampel berkisar antara 0,00 sampai dengan 0,07. Pohon filogenetik yang dibangun dari data tersebut mengelompokkan semua sampel menjadi dua klaster dengan nilai bootstrap 62/54.

Referensi

Abidin, N., Mogea, R., Binur, R.. (2021). Filogenetik Bulu Babi Tripneustes gratilla menggunakan Sitokrom Oksidase Subunit 1. Jurusan Pendidikan Biologi STIKIP Muhammadiyah. Jurusan FMIPA. Manokwari. Vol 5. No. 3. 162.

Akhmaloka. (1993). Struktur dan Fungsi Asam Nukleat. Institut Teknologi Bandung. Bandung BPS. 2014. Kabupaten Manokwari dalam Angka 2014. Badan Pusat Statistik Kabupaten Manokwari.

Avise, J., S. (1994). Why Employ Moleculer Genetic Markers? In Molecular Markers, Natural History and Evolution. Chapman-Hall. 5-14.

Dailami, M., Santi, D., Murtihapsari, Abubakar, H., & Toha, AHA. (2018). Genetic analisys of cytochrome oxidase sub unit 1 gene fragment from Cirrhilabrus cf. ryukyuensis (Labridae) from Cenderawasih Bay and Raja Ampat. Jurnal Iktiologi Indonesia, 18(3), 209-222.

DKP Kabupaten Manokwari. (2014). Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Manokwari. Kabupaten Manokwari Dalam Angka. Badan Pusat Statiska. Kabupaten Manokwari.

Graur, D and Li,W.H. (2000). Fundamentals of Molekular Evolution. Sinauer Associates.

Hamida, Achmad., Taher. (2019). Karakterisasi Nukleotida Daerah Epson 5 dan 6 Gen LDLR Penduduk Papua.

Handoyo, Darmo & Ari Rudidetna. (2001). Prinsip Umum Dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Pusat Studi Bioteknologi. 9 (1) : 17-29.

Haris, I., Rahayu. (2021). Struktur Komunitas Bulu Babi (Echinoidea) Di Perairan Terumbu Karang Pulau Mansinam Kabupaten Manokwari. Skripsi. Jurusan Ilmu Kelautan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Universitas Papua.

Haurissa, J, Lutfi, Toha AHA. (2021). Struktur komunitas Bulu Babi (echinoidea) di zona intertidal Perairan Manokwari. Jurnal Kelautan 14(2):132-142.

Holmes, E.C. (1998). Trees in Molecular Evolution. A Phylogenetic Approach. pp. 11 36.

Irma, E.K., Jeni dan A. H. A. Toha. (2005). Buku Ajar Biologi Molekuler. Jurusan Biologi FMIPA. Universitas Negeri Papua. Manokwari.

Nasrulah, R. (2018). Khalayak media: Identitas, Ideologi, dan Perilaku Pada Era Digital. Bandung. Simbiosaa Rekatama.

Nasrullah, R., Widya, S., Melissa, S. (2018). Tingkat Kematangan Gonad Bulu Babi (Tripneustes Gratilla). Di Pantai Ahmad Rhangmayang Kecematan Mesjid Raya Kabupaten Aceh Besar. Jurnal Ilmiah Mahasiswa Kelautan dan Perikanan Unsyiah. 3(1), pp. 23-32.

Nomleni, Aryok., Turnip, G., Adin, L., Afandi. (2021). Keragaman Genetik Bulu Babi Tripneutes Gratilla (Linnaeus, 1758) di Perairan Pantai Desa Lambakara, Sumba Timur, Nusa Tenggara Timur (NTT). Jurnal Akrab Juara. Vol. 6 No.4.

Maghfuroh, S. (2021). Keanekaragaman dan Dominansi Bulu Babi (Echinoidea) di Pantai Pasetran Gondo Mayit Kabupaten Blitar sebagai Media Pembelajaran Biologi Berupa Booklet. Skripsi. Jurusan Tadris Biologi. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan. Institut Agama Islam Negeri Tulungagung.

Moritz, C. (1992). Uses of Molecular Phylogenies for New Phylogenies. Oxford University Press. Oxford pp 203-216.

Pranata, B., Sala, R., Kusuma, A.B., Toha, A.H.A., Purbani, D.C., Mokodongan, D.F. and Sipriyadi., (2024). Morphological Characteristics and Genetic Relationship of Red Snappers (Lutjanus timoriensis, Lutjanus malabaricus, Lutjanus erythropterus) in Papuan Waters. Ilmu Kelautan: Indonesian Journal of Marine Sciences, 29(2): 276-286. DOI: 10.13057/biodiv/d250132.

Pranata, B., Toha, A.H. and Kolibongso, D., (2020). Genetic of Panulirus Versicolor Lobster In Cendrawasih Bay Papua And Lombok Waters West Nusa Tenggara. Jurnal Enggano Vol, 5(2), pp.249-257.

Rahayu, Dwi A., Nugroho, Endik Deni., Listyorini, Dwi. (2019). DNA Barcoding Ikan Itroduksi Khas Telaga Sari, Kabupaten Pasuruan. Journal of Tropical Biology. Vol. 7 No. 2.

Randongkir Y.E., Simatauw F, Handayani T. (2018). Aspek pertumbuhan ikan layang (Decapterus macrosoma) di Pangkalan Pendaratan Ikan Sanggeng Kabupaten Manokwari. Jurnal Sumberdaya Akuatik Indopasifik 2 (1):15-24.

Suryanti S., Nusa, P., & Rudiyanti, S. (2020). Morfologi, Anatomi dan Indeks Ekologi Bulu Babi di Pantai Sepanjang Kabupaten Gunung Kidul Yogyakarta. Buletin Oseanografi Marina. Departemen Sumberdaya Perairan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Universitas Diponegoro.

Toha, A. (2007). Keragaman Genetik Bulu Babi. Jurusan Perikanan FPPK. Universitas Negeri Papua.

Toha, A.H.A., Ambariyanto, A., Widodo, W., Hakim, L., Sumitro, S.B. and Aminin, A.L., (2022). Genetic Diversity And Connectivity Of Sea Urchin Tripneustes Gratilla In Region Surrounding Cenderawasih Bay, Papua-Indonesia And Indo-Pacific. Hayati Journal of Biosciences, 29(2), pp.155-163.

Toha, A.H.A., Sumitro, S.B. and Hakim, L. (2015). Color Diversity And Distribution Of Sea Urchin Tripneustes Gratilla In Cenderawasih Bay Ecoregion Of Papua, Indonesia. The Egyptian Journal Of Aquatic Research, 3(41), pp.273-278.

Toha, A.H.A., Sumitro, S.B., Hakim L. (2012). Kondisi habitat bulu babi Tripneustes gratilla (Linnaeus, 1758) di Teluk Cenderawasih. Berkala Penelitian Hayati 17 (2): 139-145.

Toha, A.H.A. (2019). Keragaman Genetik Bulu Babi (Echinoidea). Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati.

Yulianto, A., R. (2012). Pemanfaatan Bulu Babi Secara Berkelanjutan Pada Kawasan Padang Lamun. Program Studi Ilmu Lingkungan Program Pascasarjana, Universitas Indonesia.

Zhang, Z., Schwartz, S., Wagner, L., and Miller, M. (2000). "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.