Genetic Identity of Sentani Gudgeon (Oxyeleotris heterodon) based on Cytochrome Oxidase 1 Gene Marker

Muhammad Dailami; Antajala Rian Maulana; Marthin Daniel Theo Gratia Siahaan; Wahyu Endra Kusuma; Lalu Panji Imam Agamawan; Abdul Hamid A. Toha; Ating Yuniarti

doi:10.64283/jotdiverse.2025.1(1):4

Penulis

Muhammad Dailami Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Antajala Rian Maulana Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Marthin Daniel Theo Gratia Siahaan Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Wahyu Endra Kusuma Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Lalu Panji Imam Agamawan Program Studi Ilmu Kelautan, Jurusan Ilmu Kelautan dan Perikanan, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Cenderawasih, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Abdul Hamid A. Toha Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Papua, Jl. Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia
Ating Yuniarti Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.64283/jotdiverse.2025.1(1):4

Kata Kunci:

Gen COI, ikan gabus sentani, keragaman genetik

Abstrak

Ikan Gabus Sentani (Oxyeleotris heterodon) merupakan spesies ikan endemik yang menghuni Danau Sentani dan beberapa danau lain di Provinsi Papua, Indonesia. Spesies ini memiliki nilai ekologis dan ekonomis penting, namun rentan terhadap perubahan lingkungan dan eksploitasi berlebihan. Identifikasi genetik, terutama menggunakan gen Sitokrom Oksidase 1 (COI), sangat penting untuk upaya konservasi dan pemahaman keragaman genetik Ikan Gabus Sentani. Teknik DNA barcoding dengan gen COI telah menjadi metode standar dalam identifikasi molekuler spesies, memungkinkan identifikasi cepat dan akurat. Sayangnya, Ikan Gabus Sentani menghadapi berbagai ancaman seperti degradasi habitat, pencemaran, penangkapan berlebihan, dan introduksi spesies asing invasif. Oleh karena itu, penelitian genetik menjadi semakin penting untuk mendukung upaya konservasi, memberikan pemahaman mendalam tentang status populasi dan potensi adaptasi spesies. Hasil amplifikasi dan sekuensing DNA fragmen gen COI menunjukkan adanya sekuens DNA dengan panjang mencapai 619 pasang basa dengan komposisi A (23,9%), G (18,1%), C (29,1%), T (28,9%). Hasil identifikasi dengan analisis homologi pada database NCBI dan BOLD menunjukkan kemiripan tertinggi pada 97.58% dan 97.84% dengan sekuens O. lineolate. Hal ini dikarenakan belum adanya sekuens O. heterodon dari fragmen gen COI yang ditemukan di Genbank maupun BOLD system. Analisis pohon filogenetik dengan beberapa sekuens yang memiliki kemiripan dekat menunjukkan adanya perbedaan clade antara sekuens O. heterodon dari penelitian ini dengan sekuens O. lineolate dan spesies lain.

Referensi

Balart, C. V. Æ. E. (2004). Cryptic isolation of Gulf of California shovelnose guitarfish evidenced by mitochondrial DNA. Revista de Biologia Tropical, 983–988. https://doi.org/10.1007/s00227-004-1378-7

Dahruddin, H., Hutama, A., Busson, F., Sauri, S., Hanner, R., Keith, P., Hadiaty, R., & Hubert, N. (2017). Revisiting the ichthyodiversity of Java and Bali through DNA barcodes: taxonomic coverage, identification accuracy, cryptic diversity and identification of exotic species. Molecular Ecology Resources, 17(2), 288–299. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12528

Dailami, M., Artika, I. M., Kusrini, M. D., & Safari, D. (2016). Phylogenetic Analysis of Cytochrome Oxidase I from Buduk Toads Duttaphrynus melanostictus and Phrynoidis asper from Bogor. Current Biochemistry, 3(2), 54–65. https://doi.org/10.29244/54-65

Dailami, M., Rahmawati, A., Saleky, D., & Toha, A. H. A. (2021). DNA barcoding of tilapia fish from Merauke , Papua and Malang , East Java-Indonesia. AACL Bioflux, 14(2), 849–858.

Dailami, M., Saleky, D., Toha, A. H. A., & Agamawan, L. P. I. (2022). Identifikasi Genetik Udang Mantis Dengan Pendekatan DNA Barcoding Gen Sitokrom Oksidase 1 (CO1). ACROPORA: Jurnal Ilmu Kelautan Dan Perikanan Papua, 5(1). https://doi.org/10.31957/acr.v5i1.2269

Dailami, M., Santi, D., Murtihapsari, ., Abubakar, H., & Toha, A. H. A. (2018). Genetic analisys of cytochrome oxidase sub unit 1 gene fragment from Cirrhilabrus cf. ryukyuensis (Labridae) from Cenderawasih Bay and Raja Ampat. Jurnal Iktiologi Indonesia, 18(3), 209. https://doi.org/10.32491/jii.v18i3.347

Dailami, M., Yuniarti, A., Saleky, D., & Toha, A. H. A. (2024). Identifikasi Genetik Ikan Gabus Asal Merauke dengan Menggunakan Fragmen Gen Sitokrom Oksidase Sub Unit I. Bioscientist : Jurnal Ilmiah Biologi, 12(1), 1252. https://doi.org/10.33394/bioscientist.v12i1.11446

Hubert, N., Meyer, C. P., Bruggemann, H. J., Guérin, F., Komeno, R. J. L., Espiau, B., Causse, R., Williams, J. T., & Planes, S. (2012). Cryptic diversity in indo-pacific coral-reef fishes revealed by DNA-barcoding provides new support to the centre-of-overlap hypothesis. PLoS ONE, 7(3). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028987

Kadarusman, Hismayasari, I. B., Supriatna, I., Sayuti, Moch., & Setiabadi, A. (2018). Kajian Strategis Domestikasi Ikan Gabus Sentani Oxyeleotris heterodon (Weber, 1907). Badan Penelitian Dan Pengembangan Daerah, Kabupaten Jayapura Dan Politeknik Kelautan Dan Perikanan Sorong.

Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2018). MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution, 35(6), 1547–1549. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096

Kurniasih, E. M., Sembiring, A., Pertiwi, N. P. D., Anggoro, A. W., Cahyani, N. K. D., Dailami, M., Ambariyanto, A., Wijayanti, D. P., & Meyer, C. P. (2020). Cryptic Species from Biodiversity Hotspot: Estimation of Decapoda on Dead Coral Head Pocillopora in Raja Ampat Papua. ILMU KELAUTAN: Indonesian Journal of Marine Sciences, 25(1), 1–6. https://doi.org/10.14710/ik.ijms.25.1.1-6

Losos, J. B., & Glor, R. E. (2003). Phylogenetic comparative methods and the geography of speciation. Evolution, 18(5), 220–227. https://doi.org/10.1016/S0169-5347(03)00037-5

Saleky, D., & Dailami, M. (2021). Konservasi Genetik Ikan Kakap Putih (Lates calcarifer, Bloch, 1790) Melalui Pendekatan DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik di Sungai Kumbe Merauke Papua. Jurnal Kelautan Tropis, 24(2), 141–150. https://doi.org/10.14710/jkt.v24i2.10760

Ward, R. D., Zemlak, T. S., Innes, B. H., Last, P. R., & Hebert, P. D. N. (2005). DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360(1462), 1847–1857. https://doi.org/10.1098/rstb.2005.1716

Warsa, A., & Satria, H. (2008). Sebaran Beberapa Jenis Ikan Ekonomis Penting di Danau Sentani, Papua. Proceeding Seminar Nasional Ikan V, Jurnal Iktiologi Indonesia.

Wiadnya, D. G. R., Kurniawan, N., Hariati, A. M., Astuti, S. S., Paricahya, A. F., Dailami, M., & Kusuma, W. E. (2023). DNA barcoding of the most common marine ornamental fish species spilled over from a small-sized marine protected area, Bali Barat National Park, Indonesia. Biodiversitas, Journal of Biological Diversity, 24(1), 47–54.