Genetic Identification of Nilem Fish using the DNA Barcoding Approach

Muhammad Dailami; Ating Yuniarti; Maheno Sri Widodo; Rakhmad Ndaru Pratama; Destia Fitri Ariyani; Marthin Daniel Theo Gratia Siahaan; Antajala Rian Maulana; Surya Dewa Ramadhan; Radwa Fathin H Putri; Shinta Eka Nurcahyani; Sindi Milansari; Corazon Ell Merilia Papuani Mayor

doi:10.64283/jotdiverse.2025.1(1):3

Penulis

Muhammad Dailami Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Ating Yuniarti Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Maheno Sri Widodo Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Rakhmad Ndaru Pratama Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Destia Fitri Ariyani Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Marthin Daniel Theo Gratia Siahaan Program Studi Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Antajala Rian Maulana Program Studi Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Surya Dewa Ramadhan Program Studi Budidaya Perairan, Departemen Manajemen Sumberdaya Perikanan dan Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Jl. Veteran, Ketawanggede, Lowokwaru, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Radwa Fathin H Putri Program Studi Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya, Jalan Veteran, Malang, Jawa Timur, 65145, Indonesia
Shinta Eka Nurcahyani Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Papua, Jl. Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia
Sindi Milansari Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan, Jurusan Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Papua, Jl. Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia
Corazon Ell Merilia Papuani Mayor Program Studi Sumberdaya Akuatik, Program Pascasarajan, Universitas Papua, Jl. Gunung Salju, Amban, Manokwari, Papua Barat, 98314, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.64283/jotdiverse.2025.1(1):3

Kata Kunci:

DNA Barcoding, Gen Sitokrom Oksidase 1 (COI), ikan nilem

Abstrak

Ikan nilem (Osteochilus vittatus) adalah spesies ikan air tawar dari famili Cyprinidae yang memiliki nilai penting secara ekologi dan ekonomi di Indonesia, dengan habitat alami di sungai, rawa, dan perairan tergenang. Identifikasi spesies yang akurat sangat penting dalam penelitian biologi dan manajemen sumber daya perikanan, namun metode identifikasi morfologi memiliki beberapa keterbatasan. DNA barcoding merupakan teknik molekuler revolusioner yang menggunakan sekuen DNA pendek untuk mengidentifikasi dan membedakan spesies dengan akurasi tinggi. Penggunaan DNA barcoding dalam identifikasi ikan air tawar di Indonesia telah menunjukkan perkembangan signifikan, termasuk dalam studi komprehensif yang mendokumentasikan 1.172 spesies ikan air tawar asli. Penelitian "Identifikasi Genetik Ikan Nilem dengan Pendekatan DNA Barcoding" bertujuan untuk mengkarakterisasi genetik ikan nilem, membandingkan profil genetik dari berbagai populasi, dan mengevaluasi efektivitas DNA barcoding dalam membedakan ikan nilem dari spesies Osteochilus lainnya, dengan harapan dapat berkontribusi pada upaya konservasi dan manajemen berkelanjutan ikan nilem di Indonesia. Hasil sekuensing DNA diperoleh sekuens dengan panjang mencapai 619 pasang basa dengan komposisi Nukleotida A (27,2%), G (17,6%), C (26,4%), T (28,8%). Hasil BLAST dengan database NCBI menunjukkan kemiripan mencapai 99.84% dengan sekuens O. vittatus dan 99.83% dengan O. hasseltii. Kedua spesies ini merupakan sinonim dengan nama resmi yaitu O. vittatus. Analisis filogenetik juga selaras dengan hasil BLAST yang menunjukkan bahwa sekuens sampel berada dalam satu clade yang sama dengan sekuens O. vittatus dan O. hasseltii. Identifikasi dengan marka molekuler Gen COI berhasil digunakan dalam menentukan spesies dari ikan nilem (O. vittastus).

Referensi

Boratyn, G. M., Camacho, C., Cooper, P. S., Coulouris, G., Fong, A., Ma, N., Madden, T. L., Matten, W. T., McGinnis, S. D., Merezhuk, Y., Raytselis, Y., Sayers, E. W., Tao, T., Ye, J., & Zaretskaya, I. (2013). BLAST: a more efficient report with usability improvements. Nucleic Acids Research, 41(W1), W29–W33. https://doi.org/10.1093/nar/gkt282

Dailami, M., Aliviyanti, D., & Wiratno, Ekwan NofaDjamaludin, H. (2022). Biologi Molekuler Perikanan dan Kelautan. UB Press.

Dailami, M., Saleky, D., Toha, A. H. A., & Agamawan, L. P. I. (2022). Identifikasi Genetik Udang Mantis Dengan Pendekatan DNA Barcoding Gen Sitokrom Oksidase 1 (CO1). ACROPORA: Jurnal Ilmu Kelautan Dan Perikanan Papua, 5(1). https://doi.org/10.31957/acr.v5i1.2269

Dailami, M., Widyawati, Y., & Toha, A. (2021). Genetic Identification of Anchovy from Cenderawasih Bay using DNA Barcoding Approach. Musamus Fisheries and Marine Journal, 3(2), 154–166. https://doi.org/10.35724/mfmj.v3i2.3521

Dailami, M., Yuniarti, A., Saleky, D., & Toha, A. H. A. (2024). Identifikasi Genetik Ikan Gabus Asal Merauke dengan Menggunakan Fragmen Gen Sitokrom Oksidase Sub Unit I. Bioscientist : Jurnal Ilmiah Biologi, 12(1), 1252. https://doi.org/10.33394/bioscientist.v12i1.11446

Mwita, C. J., & Chuhila, Y. J. (2023). Fish DNA barcoding. In Frontiers in Aquaculture Biotechnology (pp. 171–185). Elsevier. https://doi.org/10.1016/B978-0-323-91240-2.00013-0

Pertiwi, D., Bestari, I. A. P., & Sembiring, A. (2024). Identifikasi Spesies Ikan Ekonomis Penting Yang Didaratkan Di PPI Kedonganan Dengan DNA Barcoding. Journal of Biota, 319–329. https://doi.org/10.24002/biota.v9i3.8212

Ramadhan, S. D., Widodo, M. S., Ariyani, D. F., Pratama, R. N., & Dailami, M. (2024). Pendugaan Fekunditas Induk Betina Ikan Nilem (Osteochilus vittatus) berdasarkan Karakter Morfometrik. ACROPORA: Jurnal Ilmu Kelautan Dan Perikanan Papua, 7(2), 106–112.

Saleky, D., Leatemia, S. P. O., Pattiasina, T. F., Isma, I., Pangaribuan, R. D., Welliken, M. A., Melmambessy, E. H. P., & Dailami, M. (2020). Analisis Pola Pertumbuhan dan Pendekatan DNA Barcoding untuk Identifikasi Turbo stenogyrus P. Fischer, 1873 (Mollusca: Gastropoda). Biotropika: Journal of Tropical Biology, 8(2), 79–86. https://doi.org/10.21776/ub.biotropika.2020.008.02.03

Saleky, D., Supriyatin, F. E., & Dailami, M. (2020). Pola Pertumbuhan dan Identifikasi Genetik Turbo setosus Gmelin, 1791 [Turbinidae, Gastropoda]. Jurnal Kelautan Tropis, 23(3), 305–315. https://doi.org/10.14710/jkt.v23i3.7514

Tamura, K., Stecher, G., & Kumar, S. (2021). MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11. Molecular Biology and Evolution, 38(7), 3022–3027. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120

Tang, Q., Deng, L., Luo, Q., Duan, Q., Wang, X., & Zhang, R. (2023). DNA Barcoding of Fish Species Diversity in Guizhou, China. Diversity, 15(2), 203. https://doi.org/10.3390/d15020203

Tea, Y.-K., Allen, G. R., & Dailami, M. (2021). Redescription of Cirrhilabrus solorensis Bleeker, with Description of Two New Species of Fairy Wrasses (Teleostei: Labridae: Cirrhilabrus). Ichthyology & Herpetology, 109(3). https://doi.org/10.1643/i2021022

Toha, A. H. A., Dailami, M., Anwar, S., Setiawan, J. B., Jentewo, Y., Lapadi, I., Sutanto, S., Aryasari, R., Ambariyanto, Runtuboi, F., & Madduppa, H. (2020). The genetic relationships and indo-pacific connectivity of whale sharks (Rhincodon typus) with particular reference to mitochondrial COI gene sequences from Cendrawasih bay, Papua, Indonesia. Biodiversitas, 21(5), 2159–2171. https://doi.org/10.13057/biodiv/d210544

Wang, Z. D., Guo, Y. S., Liu, X. M., Fan, Y. B., & Liu, C. W. (2012). DNA barcoding South China Sea fishes. Mitochondrial DNA, 23(5), 405–410. https://doi.org/10.3109/19401736.2012.710204

Ward, R. D., Zemlak, T. S., Innes, B. H., Last, P. R., & Hebert, P. D. N. (2005). DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360(1462), 1847–1857. https://doi.org/10.1098/rstb.2005.1716